V suterénu muzea se nachází expozice archeologie. Návštěvník uvidí předměty, které byly nalezené především v okolí Milevska.
Nejstaršími vystavenými předměty jsou kamenné sekerky pocházející z pozdní doby kamenné. V malém sále je prezentováno osídlení regionu v době bronzové a železné. Vedle nálezů se sídlišť jsou to předměty vyzvednuté z pohřebních areálů či předměty z hromadných nálezů. V této místnosti se také nachází dětský koutek, kde si děti mohou vyzkoušet práci archeologa v terénu i v laboratoři. Ve větším sále je prostor věnován archeologii středověku. Řada nálezů pochází z dlouhodobých výzkumů premonstrátského kláštera v Milevsku. Zajímavostmi jsou například výrobky z cihlářských pecí fungujících při klášteře, nejstarší portrét Jiřího z Milevska, který je vytesán do gotického mramorového bloku či soubor keramických nádob pocházející z období, kdy město i klášter vyplenili husité. Archeologickou expozici uzavírá malý sál, kde si lze prohlédnout dva mincovní depoty, jedná se o kolekce stříbrných grošů z přelomu 14. a 15. století.
